Vi er halvveis i Vietnamkrigen, og den plagede kaptein Willard (Martin Sheen) får i oppdrag å reise langs elven og inn i Kambodsja for å finne oberst Kurtz (Marlon Brando) og ta ham av dage. Kurtz er ifølge amerikansk etterretning blitt gal, og har oppnevnt seg til gud i sitt eget samfunn der han bedriver rituelle henrettelser etter eget forgodtbefinnende.
«Apocalypse Now: Final Cut» er ikke nødvendigvis den endelige utgaven, men én av tre versjoner av Francis Ford Coppolas mektige krigsfilm.